Η χρονική διάρκεια φοίτησης στο ΠΜΣ που οδηγεί στη λήψη Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΜΣ) ορίζεται σε τέσσερα (4) ακαδημαϊκά εξάμηνα, εκ των οποίων τα δύο (2) είναι εξάμηνα θεωρητικών μαθημάτων, το ένα (1) αναφέρεται στην πρακτική άσκηση/εργαστήρια και το τελευταίο στην εκπόνηση της Διπλωματικής Εργασίας.
Ο ανώτατος επιτρεπόμενος χρόνος ολοκλήρωσης των σπουδών, ορίζεται στα έξι (6) ακαδημαϊκά εξάμηνα υπό προϋποθέσεις (λόγοι υγείας, κύηση ή λοχεία, επαγγελματικοί λόγοι, ολοκλήρωση πειραμάτων στις ερευνητικές διπλωματικές), έπειτα από αίτηση του φοιτητή στη Σ.Ε. και απόφαση της Συνέλευσης.
Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές έχουν δικαίωμα να ζητήσουν, με αίτησή τους, αναστολή φοίτησης (παρακολούθησης μαθημάτων ή εκπόνησης της μεταπτυχιακής εργασίας). Η αναστολή χορηγείται με απόφαση της Συνέλευσης της Ιατρικής Σχολής μετά από εισήγηση της συντονιστικής επιτροπής για αποδεδειγμένα σοβαρούς λόγους μόνο μία φορά και δεν μπορεί να είναι μεγαλύτερης διάρκειας των δύο (2) συνεχόμενων ακαδημαϊκών εξαμήνων, ούτε μικρότερης διάρκειας του ενός (1) εξαμήνου. Τα εξάμηνα αναστολής της φοιτητικής ιδιότητας δεν προσμετρούνται στην προβλεπόμενη ανώτατη διάρκεια κανονικής φοίτησης.
Για την απόκτηση ΔΜΣ, κάθε μεταπτυχιακός φοιτητής οφείλει να παρακολουθήσει και να εξεταστεί επιτυχώς στο σύνολο των προσφερόμενων μαθημάτων του ΠΜΣ και να εκπονήσει μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία, συγκεντρώνοντας έτσι εκατό είκοσι (120) ECTS.